Từ những thập niên 80 của thế kỷ XX, ngành Tâm thần của tỉnh Khánh Hòa được thực hiện nhiệm vụ qua 2 bộ phận, đó là: Trạm Phòng chống bệnh tâm thần, địa chỉ: 10 Lý Tự Trọng - thành phố Nha Trang, có nhiệm vụ quản lý và điều trị ngoại trú cho bệnh nhân tâm thần trong tỉnh và Khoa Tâm thần thuộc Bệnh viện đa khoa tỉnh Khánh Hòa, địa chỉ: 19 Yesin – Thành phố Nha Trang, có nhiệm vụ điều trị nội trú cho các trường hợp bệnh tâm thần cấp và mãn tính.
Đến tháng 3 năm 1993, do yêu cầu công tác nhằm củng cố và phát triển chuyên môn, Trạm Phòng chống bệnh Tâm thần được sát nhập vào Khoa Tâm thần - Bệnh viện đa khoa tỉnh với chỉ tiêu 20 giường bệnh, gồm có: 6 bác sỹ, 9 điều dưỡng, 2 hộ lý.
Đến năm 2000, xuất phát từ nhu cầu phát triển ngành tâm thần, Bệnh viện Chuyên khoa Tâm thần Khánh Hòa được thành lập theo Quyết định số 5031/1999/QĐ-UB ngày 30/12/1999 của UBND tỉnh Khánh Hòa, Bệnh viện tiếp quản cơ sở vật chất cũ của Trung tâm Y tế Diên Khánh, tọa lạc tại xã Diên Phước, huyện Diên Khánh, tỉnh Khánh Hòa, cách thành phố Nha Trang về phía Tây Nam 20 km. Bước đầu thành lập Bệnh viện, Sở Y tế đã giao chỉ tiêu 50 giường bệnh, 50 biên chế cán bộ viên chức (CBVC).
Những năm tháng đầu đi vào hoạt động, Bệnh viện gặp rất nhiều khó khăn như: Cơ sở vật chất không phù hợp với chuyên ngành tâm thần, vị trí nằm ở xa trục đường giao thông chính nên việc đi lại của bệnh nhân không được thuận tiện, nhận thức của người dân về bệnh tâm thần còn thấp, đội ngũ cán bộ viên chức còn mới, chưa được đào tạo nhiều về lĩnh vực chuyên khoa…Trước những khó khăn đó, Bệnh viện đã không ngừng phấn đấu nâng cao chất lượng điều trị, tạo điều kiện thuận lợi cho CBVC đi học, đẩy mạnh công tác tuyên truyền qua các phương tiện thông tin đại chúng, truyền thanh, truyền hình, viết báo. Đầu năm 2008, Bệnh viện được UBND tỉnh phê duyệt xây dựng nâng cấp Bệnh viện với quy mô 150 giường bằng nguồn vốn trái phiếu chính phủ để tăng khả năng thu dung điều trị bệnh nhân, trong đó có nguồn tài trợ của Quỹ cựu chiến binh Mỹ tại Việt Nam (VVAF) cho việc xây dựng Khoa hoạt động liệu pháp. Đến năm 2011, tất cả các khối nhà đã xây dựng, cải tạo xong, được nghiệm thu và đưa vào sử dụng.
Tập thể CBVC Bệnh viện Chuyên khoa Tâm thần đã nỗ lực phấn đấu trong nhiều năm qua, tạo được niềm tin cho người dân khi đến khám chữa bệnh và kết quả đạt được như sau: Năm 2002, 2003 công suất sử dụng giường bệnh vượt trên 130%, đến năm 2005 Sở Y tế giao chỉ tiêu 70 giường, năm 2006 - 2007 là 77 giường, 2008 là 80 giường, 2009 là 90 giường, năm 2010 là 100 giường, năm 2014 đến 2016 là 140 giường.
Hiện tại, Bệnh viện Chuyên khoa Tâm thần Khánh Hòa là bệnh viện hạng 2, chỉ tiêu giường bệnh là 140 giường, là cơ sở khám chữa bệnh tâm thần, trực thuộc Sở Y tế tỉnh Khánh Hòa, giúp Sở Y tế thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về công tác khám phát hiện, quản lý điều trị bệnh nhân. Quản lý về cơ sở vật chất, kinh phí, nhân lực theo sự phân công của Sở Y tế. Có 129 CBVC, trong đó thạc sĩ: 3, bác sĩ chuyên khoa I: 6, bác sĩ đa khoa: 5, thạc sĩ tâm lý lâm sàng: 3, cử nhân tâm lý: 1, cử nhân giáo dục đặc biệt: 12, cử nhân điều dưỡng: 11, cao đẳng điều dưỡng: 8, điều dưỡng trung học: 22, dược sĩ đại học: 2, dược sĩ trung học: 4, y sĩ: 15, cử nhân kế toán: 5, còn lại là cán bộ khác.
BAN LÃNH ĐẠO BỆNH VIỆN QUA CÁC THỜI KỲ
1. Thời kỳ: Tháng 6/2000 – Tháng 3/ 2002:
Giám đốc: BS. Lê Văn Bản
Phó Giám đốc: BSCKI. Trần Thị Ánh Tuyết
2. Thời kỳ: 3/2002 – Tháng 3/2007:
Quyền Giám đốc: BSCKI. Trần Thị Ánh Tuyết
Phó Giám đốc: ThS. Đinh Thị Hoan
3. Thời kỳ tháng 3/2007 đến nay:
Giám đốc: TS. BS. Đặng Duy Thanh
Phó Giám đốc: ThS. Đinh Thị Hoan
Phó Giám đốc: BSCKI. Nguyễn Ánh Chương